SEBAGAI PERDANA MENTERI

Selepas kemerdekaan, Tunku mendominasikan politik Malaya dan memimpin Parti Perikatan ke kemenangan besar dalam pilihan raya umum pada tahun 1959 dan 1964. Pembentukan Malaysia pada tahun 1963 merupakan salah satu daripada pencapaian Tunku yang teragung.
Tunku pertama sekali mencadangkan sebuah persekutuan Malaya, Singapura, Sabah, Sarawak, dan Brunei dalam ucapannya kepada "Persatuan Wartawan Asing Asia Tenggara" pada tahun 1961 di Singapura. Pada 16 September 1963, dengan persekutuan negeri-negeri tersebut kecuali Brunei, beliau menjadi Perdana Menteri Malaysia yang pertama.
Bagaimanapun, faktor-faktor perkauman bertambah buruk dengan pemasukan Singapura yang menaikkan bahagian kaum Cina sehingga hampir-hampir 40%. Kedua-dua UMNO dan MCA berasa tegang terhadap daya tarikan Parti Tindakan Rakyat (PAP pada waktu itu, diperlihatkan sebagai sebuah parti sosialis yang radikal) Lee Kwan Yew kepada pengundi-pengundi di Malaya. Untuk mengatasi kebimbangan itu, Parti Perikatan mencuba membentukkan sebuah parti di Singapura untuk mencabar kedudukan Lee di sana. Sebagai gerak balas, Lee mengancam bahawa PAP akan menyertai Pilihan Raya Persekutuan 1964 di Malaya, walaupun terdapatnya perjanjian awal bahawa beliau tidak akan berbuat demikian (sila lihat Hubungan PAP-UMNO. Ini membangkitkan kemarahan Tunku yang mendesak supaya Singapura meninggalkan Malaysia.
Pada 7 Ogos 1965, Tunku mengumumkan kepada Parlimen Malaysia di Kuala Lumpur bahawa Parliamen haruslah mengundi untuk menyokong peninggalan Singapura daripada Persekutuan. Dalam perkataannya, Parliamen harus memilih untuk "memutuskan semua pertalian dengan sebuah Kerajaan Negeri yang tidak mempertunjukkan sebarang kesetiaan kepada Kerajaan Pusat" berbanding kaedah yang tidak diingini untuk menindas tindakan PAP. Pemisahan dan kemerdekaan Singapura menjadi rasmi pada 9 Ogos 1965.
Pada tahun 1961, Tunku menubuhkan Pertubuhan Asia Tenggara (ASA) yang memperkumpulkan Malaya, Thailand dan Filipina Perkumpulan ini kemudian digantikan dengan perkumpulan yang lebih besar, iaitu Persatuan Negara-negara Asia Tenggara (ASEAN), pada 8 Ogos 1967.
Dalam Pilihan Raya Umum 1969, majoriti Parti Perikatan dikurangkan dengan hebat. Perhimpunan-perhimpunan tunjuk perasaan yang mengikuti pilihan raya itu mencetuskan rusuhan kaum pada 13 Mei di Kuala Lumpur. Sebahagian pemimpin-pemimpin UMNO yang diketuai oleh Tun Abdul Razak kritis terhadap cara pengendalian krisis itu oleh Tunku, dan MAGERAN, sebuah jawatan kuasa darurat, mengambil alih kuasa dan mengisytiharkan keadaan darurat.
Kuasa Tunku sebagai Perdana Menteri dibatasi secara besar, dan pada 22 September 1970, beliau terpaksa meletakkan jawatan sebagai Perdana Menteri. Tunku kemudian meletakkan jawatannya sebagai Presiden UMNO pada Jun 1971 di tengah-tengah penentangan hebat oleh 'Turki Muda' yang terdiri daripada penentang-penentang parti seperti Dr Mahathir dan Musa Hitam. Pasangan itu kemudian masing-masing menjadi Perdana Menteri dan Timbalan Perdana Menteri.